La FFAP emploie un seul salarié qui occupe les fonctions de secrétaire administratif,
elle fonctionne essentiellement grâce au travail de ses bénévoles aussi bien au siège de la Fédération à Paris
que dans les Groupements régionaux ou les associations locales.
Comme toutes les associations de type Loi 1901 elle est dirigée par un Conseil d'Administration élu lors de son Assemblée Générale annuelle
réuni lors du Congrès Fédéral.
Les orientations générales sont proposées par le bureau et par des structures de projet ou des commisions spécialisées
qui rendent-compte trimestriellement devant le Conseil d'Administration et une fois par an devant l'Assemblée Générale.
Le congrès de la FFAP (Fédération Française des Associations Philatéliques) se tenait traditionnellement une fois par an
le week-end de Pentecôte jusqu'en 2004. Cette date avait été remise en question à la fois par la suppression du caractère
férié du lundi de Pentecôte et par la baisse des subventions accordées par l'ADP (Association pour le Développement de la Philatélie)
consécutive aux médiocres résultats des ventes de timbres de la Fête du timbre depuis 2003. La Poste ayant décidé d'organiser tous les deux ans
un salon du timbre la FFAP organise désormais son un an sur deux congrès à l'occasion de cette manifestation.
Le 81ème congrès s'est tenu le 14 juin 2008 au parc floral de Paris à Vincennes.
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Voir la liste des Congrès de la FFAP
La FFAP organise tous les ans , en partenariat avec la Poste, la Fête du timbre